در فیلم اتاق تاریک فرهاد (ساعد سهیلی) و هاله (ساره بیات) زن و شوهری هستند که پس از به دنیا آمدن بچه اشان امیر وارد دنیایی تازه از زندگی اشان شده‌اند، و این واقعه برایشان بسیار شیرین است. اما شبی ناگهان امیر در بیابانی نزدیک خانه آنها گم می‌شود و پس از آن دچار رفتارهای نظیر پرخاشگری و شب‌ادراری و درد شکمی و غیره می‌شود. گاهی به پدر و مادرش می‌گوید که آن شب کسی او را در بیابان اذیت کرده و این رفتارهای او باعث خشم پدر و مادرش و دعوا کردن آنها می‌شد…